1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Trích xuất một mẫu từ tệp fastq

Đến lượt bạn lấy một mẫu nhỏ từ một chuỗi gồm nhiều đoạn đọc.

Bạn sẽ dùng cùng tệp như ở bài trước. Tệp này có 500 đoạn đọc, mỗi đoạn dài 50 bp. Đường dẫn tệp được lưu trong một đối tượng có tên là f.

Dùng FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() và yield() để trích 100 đoạn đọc từ tệp chuỗi của bạn.

Hướng dẫn

100 XP
  • Nạp ShortRead.
  • Dùng set.seed() với giá trị 1234.
  • Dùng FastqSampler() với tệp fastq nhỏ nằm trong f và chọn 100 đoạn đọc.
  • Dùng yield() để tạo ra tập con chuỗi.