Bắt đầu ngayBắt đầu miễn phí

Trích xuất một mẫu từ tệp fastq

Đến lượt bạn lấy một mẫu nhỏ từ một chuỗi gồm nhiều đoạn đọc.

Bạn sẽ dùng cùng tệp như ở bài trước. Tệp này có 500 đoạn đọc, mỗi đoạn dài 50 bp. Đường dẫn tệp được lưu trong một đối tượng có tên là f.

Dùng FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() và yield() để trích 100 đoạn đọc từ tệp chuỗi của bạn.

Bài tập này là một phần của khóa học

Giới thiệu Bioconductor trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

  • Nạp ShortRead.
  • Dùng set.seed() với giá trị 1234.
  • Dùng FastqSampler() với tệp fastq nhỏ nằm trong f và chọn 100 đoạn đọc.
  • Dùng yield() để tạo ra tập con chuỗi.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Chỉnh sửa và Chạy Mã