Несколько цепочек

Графики трасс помогают оценить качество симуляции цепи Маркова. «Хорошая» цепь Маркова характеризуется стабильностью по мере увеличения её длины и согласованностью результатов при повторных симуляциях — то есть при использовании нескольких цепочек. В этом упражнении вы воспользуетесь RJAGS, чтобы запустить четыре параллельные цепочки и построить для них графики трасс. Модель sleep_model уже определена в вашей рабочей среде.

Это упражнение является частью курса

Байесовское моделирование с RJAGS

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

С помощью jags.model() СКОМПИЛИРУЙТЕ модель sleep_model и инициализируйте 4 параллельные цепочки. Сохраните результат в объект jags с именем sleep_jags_multi.
СИМУЛИРУЙТЕ выборку из 1 000 значений из апостериорного распределения параметров m и s. Сохраните полученный объект mcmc.list в переменную sleep_sim_multi.
Изучите вывод функции head() для sleep_sim_multi. Обратите внимание на 4 элемента списка, соответствующих 4 параллельным цепочкам.
Используйте plot(), чтобы построить графики трасс для нескольких цепочек. Отключите отображение графиков плотности.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains

Редактировать и запускать код