1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. RNA-Seq with Bioconductor in R
Connected

演習

条件別の階層的ヒートマップ

カウントデータの品質評価を行う際は、教師なしクラスタリング解析における分散をより見やすくするために、正規化カウントを変換する必要があります。階層的ヒートマップを使って smoc2 サンプルの類似性を評価するため、正規化カウントを変換し、階層的クラスタリング解析を実施しましょう。なお、必要なライブラリはすべて読み込み済みで、DESeq2 オブジェクトの作成とサイズファクターの格納（dds_smoc2）も完了しているものとします。

指示

100 XP
  • dds_smoc2 オブジェクトの正規化カウントを vst() 関数と blind 引数を使って変換し、結果を vsd_smoc2 に保存します。
  • assay() 関数を使って vsd_smoc2 オブジェクトから変換済み正規化カウントの行列を取り出し、vsd_mat_smoc2 として保存します。
  • サンプル間の相関値を計算し、vsd_cor_smoc2 に保存します。
  • pheatmap() を使って相関値のヒートマップを作成し、smoc2_metadata データフレームの condition を示すアノテーションバーを追加します。