1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. RNA-Seq with Bioconductor in R
Connected

演習

DESeq2 の可視化 - ヒートマップ

注意： この演習の読み込みには少し時間がかかる場合があります。

可視化は、有意な遺伝子をより詳しく調べる際にも役立ちます。発現ヒートマップは、すべての有意な遺伝子の発現量がサンプルグループ間でどの程度異なるかを確認するのに適しています。また、発現プロットでは、上位の有意な遺伝子を表示したり、関心のある個別の遺伝子を選択して、サンプルグループ間の発現レベルを調べたりすることができます。

指示

100 XP

  • 有意な遺伝子のみを含むように、正規化済みカウントをサブセットしましょう。smoc2_res_sig の有意な結果の行名を使って、正規化済みカウント normalized_counts_smoc2 をサブセットします。

  • sig_norm_counts_smoc2 を使ってヒートマップを作成しましょう。パレット heat_colors を使って色付けし、行名を表示せずに行をクラスタリングし、値を "row" でスケーリングします。アノテーションには、select() を使って smoc2_metadata から condition 列のみを選択します。