DESeq2 の結果 - LFC 縮小
注意： この演習の読み込みに少し時間がかかる場合があります。
データの倍率変化の推定値を改善するために、lfcShrink() 関数を使って結果の log2 倍率変化を縮小します。
DESeq2 オブジェクト dds_smoc2 の作成、DESeq() 関数の実行、結果 smoc2_res の抽出など、それ以前のすべてのステップはすでに完了しているものとします。
この演習はコースの一部です
RNA-Seq with Bioconductor in R
演習の手順
lfcShrink()関数を使って、log2 倍率変化の縮小を実行しましょう。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)