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演習

PCA分析

サンプルの品質評価を続けましょう。この演習の前半では、PCAを実施してサンプルのクラスタリングを確認し、データの変動を最も説明する主成分と関心のある条件との対応関係を調べます。後半では、PCAプロットについての問いに答えます。

PCAを使って smoc2 サンプルの類似性を評価するには、正規化済みカウントを変換してからPCA分析を実施する必要があります。すべてのライブラリは読み込み済みで、DESeq2オブジェクトの作成とサイズファクターの格納も完了していると仮定してください。DESeq2オブジェクトは dds_smoc2 です。

指示1 / 2

undefined XP
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  • コードを実行して正規化済みカウントを変換します。
  • DESeq2の plotPCA() 関数を使い、DESeq2変換済みカウントオブジェクト vsd_smoc2 に対してPC1とPC2をプロットすることでPCAを実施します。intgroup 引数には、プロットの色分けに使用する因子を指定してください。