DESeq2 モデル - 分散の確認

注意： この演習の読み込みには少し時間がかかる場合があります。

前の演習でモデルを当てはめました。次に、plotDispEsts() 関数を使って分散推定値をプロットし、smoc2 データが負の二項モデルにどの程度適合しているかを確認しましょう。分散推定値は生のカウントデータのモデリングに使用されます。分散が DESeq2 の前提条件を満たさない場合、データのばらつきが正確に推定されず、DE 解析の結果の精度が低下する可能性があります。

DESeq2 が前提とする条件は、分散が平均の増加とともに全体的に減少すること、そして当てはめ曲線におおむね沿っていることです。