DESeq2 によるカウントの正規化
DESeq2 オブジェクトの作成が完了したので、次はサンプルの品質管理を行いましょう。そのために、正規化されたカウントを生成する必要があります。正規化とは、ライブラリの組成を考慮しながら、サンプルごとの総遺伝子カウント数（ライブラリサイズ）に基づいて調整することを指します。DESeq2 オブジェクトを使って、正規化されたカウントの行列を生成してください。
この演習はコースの一部です
RNA-Seq with Bioconductor in R
演習の手順
estimateSizeFactors()関数を使って smoc2 カウントデータのサイズファクターを推定し、結果をdds_smoc2オブジェクトに保存してください。counts()関数を使ってdds_smoc2から正規化されたカウント値を取り出し、smoc2_normalized_countsとして保存してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)