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演習

DESeq2 によるカウントの正規化

DESeq2 オブジェクトの作成が完了したので、次はサンプルの品質管理を行いましょう。そのために、正規化されたカウントを生成する必要があります。正規化とは、ライブラリの組成を考慮しながら、サンプルごとの総遺伝子カウント数(ライブラリサイズ)に基づいて調整することを指します。DESeq2 オブジェクトを使って、正規化されたカウントの行列を生成してください。

指示

100 XP
  • estimateSizeFactors() 関数を使って smoc2 カウントデータのサイズファクターを推定し、結果を dds_smoc2 オブジェクトに保存してください。

  • counts() 関数を使って dds_smoc2 から正規化されたカウント値を取り出し、smoc2_normalized_counts として保存してください。