Geni che fanno la differenza
Identificare i picchi ChIP-seq è utile, ma non ti dice molto su cosa succede all'interno di una cellula.
In questo esercizio, avrai un'anteprima di come usare le annotazioni del genoma per dare un senso ai risultati ChIP-seq. Due
insiemi di geni sono stati caricati nella sessione R per te. Il primo, ar_sets, contiene l'elenco di tutti i geni associati
ai picchi nei tumori primari e in quelli resistenti al trattamento. Il secondo, db_sets, è un sottoinsieme del primo che
contiene solo i geni associati a picchi che mostrano evidenza di binding differenziale tra le due condizioni.
Userai la funzione upset() del pacchetto UpSetR per visualizzare la sovrapposizione tra gli insiemi di geni per i campioni
di tumore primario e resistente al trattamento.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Dai un'occhiata agli insiemi completi di geni memorizzati nell'oggetto
ar_sets. - Visualizza la sovrapposizione tra i due gruppi usando la funzione
upset(). - Esamina i geni con binding differenziale.
- Visualizza la sovrapposizione dei picchi con binding differenziale tra i due gruppi usando la funzione
upset().
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))