Visualizzare le differenze nel legame proteico
Sia il grafico PCA sia il dendrogramma indicano che i campioni di tumori primari e di tumori resistenti al trattamento formano ciascuno un cluster. È incoraggiante, ma dice poco su come appaiono concretamente queste differenze. In questo esercizio creerai una heatmap che confronta l’intensità dei picchi tra i campioni. Questo può aiutare a mettere in evidenza schemi di legame proteico che distinguono tra gruppi di campioni.
L’insieme dei picchi, consolidato tra i campioni, è disponibile come peaks. Per creare una heatmap dei picchi a partire da questo oggetto, devi sapere
quanti picchi ci sono nel dataset. I dettagli dell’insieme di picchi uniti sono disponibili nella voce merged di peaks.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Stampa l’oggetto
peaks. - Ottieni le coordinate dei picchi uniti (merged).
- Estrai il numero di picchi presenti nei dati.
- Crea una heatmap usando la funzione
dba.plotHeatmap.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)