Capire l’impatto sui pathway
I pathway sono un altro modo utile per raggruppare i geni. In questo esercizio esaminerai i risultati di un’analisi di arricchimento dei pathway che considera i picchi più marcati nei campioni di tumore primario. L’oggetto enrich_primary contiene i risultati. Si tratta di una lista con quattro voci. Al momento, il tuo principale interesse è results, un data frame con i risultati dell’arricchimento, ordinati per significatività. Include l’ID e il nome degli insiemi di geni e i geni associati a picchi che fanno parte dell’insieme di geni. Qui i geni sono riportati come ID Entrez. Puoi usare il database fornito dal pacchetto org.Hs.eg.db per convertire tra ID Entrez e simboli genici. La funzione select() offre un’interfaccia comoda per selezionare le voci dalla colonna SYMBOL usando il tipo di chiave ENTREZID.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Esamina i primi insiemi di geni.
- Estrai gli ID genici per l’insieme in cima alla classifica.
- Dividi gli ID genici in un vettore.
- Converti gli ID genici in simboli genici.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)