Uno sguardo più da vicino ai pathway
In questo esercizio costruirai un URL che rimanda a un pathway identificato dall'analisi di arricchimento e mette in evidenza i geni con picchi ChIP-seq. Questo ti permette di avere una panoramica di come i geni (o meglio, le proteine che codificano) interagiscono tra loro e con altre proteine. Con un po' di esperienza, questo può suggerire rapidamente meccanismi potenziali che potrebbero spiegare le differenze tra i gruppi nello studio.
Il formato generale di questi URL è: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Costruirai l'URL necessario per visualizzare il pathway in cima ai risultati dell'analisi di arricchimento, evidenziando i geni associati ai picchi. Gli oggetti top_path e genes che hai creato in precedenza sono disponibili nell'ambiente di lavoro.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Aggiungi l'ID del pathway all'URL.
- Comprimi gli ID dei geni nel pathway associati ai picchi in un'unica stringa, separata da
'+'. - Aggiungi la stringa di selezione dei geni all'URL.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")