Consolidare i picchi
Prima di esplorare come annotare le chiamate di picco, può essere utile vedere come ottenere un insieme di picchi unito che incorpori le chiamate di tutti i campioni. Il pacchetto ChIPpeakAnno fornisce la funzione findOverlapsOfPeaks() a questo scopo. Consente di unire insiemi di picchi, rappresentati come GenomicRanges, da un massimo di cinque campioni.
Prima di poter usare questa funzione, devi estrarre le informazioni sulle chiamate di picco dall’oggetto ChIPQCexperiment che hai creato in precedenza. Puoi recuperare le posizioni dei picchi tramite la funzione peaks(). Nota che questo restituirà le chiamate di picco per tutti i campioni, inclusi quelli che non hanno superato il QC. Un vettore con gli indici dei campioni che abbiamo selezionato per le analisi successive durante il passaggio di QC è disponibile come qc_pass.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Estrai i picchi dall’oggetto ChIPQCexperiment.
- Scarta tutti i campioni che non hanno superato il QC.
- Trova le sovrapposizioni tra gli insiemi di picchi usando la funzione
findOverlapsOfPeaks(). - Esamina l’insieme di picchi unito disponibile nella voce
mergedPeaks.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)