Picchi vs background
È il momento di confrontare la distribuzione della coverage tra picchi, regioni in blacklist e background. In questo esercizio esaminerai i dati del cromosoma 5.
I conteggi di letture a blocchi per picchi, regioni in blacklist e background per questo cromosoma sono disponibili rispettivamente come peak_bins, bl_bins e bkg_bins. La colonna score contiene i conteggi delle letture.
Potrebbe volerci un momento per caricare tutti i dati e i pacchetti R necessari per questo esercizio. Ti chiediamo un po’ di pazienza.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Prepara i conteggi delle letture per il grafico organizzandoli in data frame.
- Combina i tre data frame usando
rbind(). - Crea un boxplot dei conteggi delle letture in base al tipo di bin.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()