Impostare il modello
Prima di eseguire il confronto vero e proprio tra i gruppi, devi indicare a DiffBind come sono suddivisi i campioni. Il modo più semplice è usare una delle categorie predefinite che DiffBind associa ai campioni. Queste includono raggruppamenti di uso comune come la condizione o il tessuto associati a ciascun campione. Puoi scegliere quale usare tramite l’argomento categories, utilizzando costanti come DBA_CONDITION e DBA_TISSUE. La pagina di help di dba.contrast() contiene l’elenco completo delle costanti disponibili.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Esamina l’oggetto
ar_binding. - Identifica la categoria corrispondente alla condizione Tumore Primario (primary) e Resistente al Trattamento (TURP).
- Definisci il contrasto per confrontare i due tipi di tumore.
- Esamina l’oggetto
dba_peaksper confermare che il contrasto sia stato aggiunto.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)