Associare i picchi ai geni

Sei quasi prontə a esplorare più nel dettaglio la relazione tra picchi, geni e le loro funzioni. Ma prima, diamo un’occhiata più da vicino a come le posizioni dei picchi si collegano ai geni. Il pacchetto chipenrich fornisce funzioni di plotting utili per questo scopo. L’oggetto peaks contiene le coordinate dei picchi che hai usato in precedenza. La funzione plot_dist_to_tss() può creare un grafico della distribuzione delle distanze tra le posizioni dei picchi e il sito di inizio della trascrizione (TSS) dei geni.

La funzione plot_chipenrich_spline() ti permette di valutare la frequenza dei picchi in relazione alla lunghezza dei geni. Oltre alle frequenze osservate, mostra anche la distribuzione attesa per il test esatto di Fisher, un modello binomiale e il modello usato dalla funzione chipenrich().