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Il pacchetto chipenrich fornisce la funzione chipenrich() per identificare gruppi di geni associati ai picchi ChIP-seq più spesso di quanto atteso per caso. Per farlo, è fondamentale decidere come raggruppare i geni. In questo esercizio userai gli insiemi di geni Hallmark definiti al Broad Institute.
Di solito, conviene limitare l’analisi ai picchi con binding differenziale per mettere in evidenza i processi molecolari che distinguono i due gruppi di campioni. A causa della piccola dimensione del campione nei dati a disposizione, qui considererai semplicemente i picchi con segnale più forte nei campioni di tumore resistenti al trattamento.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Seleziona tutti i picchi con intensità maggiore nei campioni resistenti al trattamento rispetto ai campioni di tumore primario.
- Esegui l’analisi di arricchimento.
- Stampa i risultati dell’analisi.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)