Rappresentare in dettaglio una regione
Ora tocca a te tracciare una regione genomica con Gviz. Tutti i dati in questo esercizio provengono dal cromosoma 20 di un singolo campione. Un ideogramma del cromosoma 20 è già stato creato per te ed è disponibile come ideogram. Le letture mappate sono già state convertite in dati di copertura. Queste informazioni sono disponibili come oggetto GRanges chiamato cover_ranges. Le chiamate di picco nella regione che traccerai sono memorizzate nell'oggetto peak_calls.
Il caricamento di tutti i dati e dei pacchetti R necessari per questo esercizio potrebbe richiedere qualche istante. Abbi un po' di pazienza.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Crea i track di annotazione per le chiamate di picco.
- Crea un data track per la copertura delle letture.
- Mostra il grafico, visualizzando dall'alto verso il basso: un ideogramma, il track di copertura, il track delle chiamate di picco e un asse con la posizione genomica.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)