Riassumere le differenze nel legame proteico
L’ultimo grafico dei picchi a legame differenziale che vedrai in questa lezione è un box plot. Questo tipo di grafico è utile per riassumere la distribuzione delle intensità dei picchi in ciascun campione. DiffBind fornisce la funzione dba.plotBox() proprio per questo scopo. I box plot mettono in evidenza la posizione della mediana nei diversi gruppi e l’ampiezza della variabilità attorno ad essa. Il grafico prodotto da DiffBind confronta i due gruppi (tumore primario e tumore resistente al trattamento) e i sottoinsiemi costituiti dai picchi a legame differenziale. Oltre al grafico, dba.plotBox() restituisce anche i p-value per i confronti a coppie tra questi gruppi.
Come in precedenza, i risultati dell’analisi del legame differenziale sono disponibili come ar_diff.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Crea un box plot delle intensità dei picchi.
- Esamina i p-value restituiti. Quali insiemi di picchi sono significativamente diversi tra loro?
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)