Chiamate di picchi
Le letture sono distribuite in tutto il genoma, ma le regioni legate dalla proteina di interesse attirano molte letture sovrapposte, generando picchi nella copertura. Questi picchi sono in genere registrati con le loro coordinate genomiche e con un punteggio che indica l'intensità del segnale osservato per quel picco.
Un insieme di chiamate di picchi è stato caricato in R per te. Le chiamate di picchi sono memorizzate in un oggetto GenomicRanges chiamato peaks. Oltre alle funzioni abituali per accedere al contenuto degli oggetti GenomicRanges, sono disponibili due comode funzioni specifiche per le chiamate di picchi. Puoi usare la funzione chrom per ottenere il cromosoma su cui si trova un picco e la funzione score per ottenerne il punteggio.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Stampa un riepilogo di
peaks. - Usa la funzione
score()per trovare l'indice del picco con punteggio più alto. - Estrai le coordinate genomiche del picco con punteggio più alto usando le funzioni
chrom()eranges().
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___