Lettura di file BED
In questo esercizio caricherai le chiamate di picco da un file BED e userai le informazioni sulle posizioni dei picchi per estrarre le letture che si sovrappongono ai picchi da un file BAM.
Questo esercizio fa parte del corso
ChIP-seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Usa la funzione
import.bedper caricare le chiamate di picco da chr20_peaks. - Usa queste chiamate di picco per creare un oggetto
BamViewsper chr20_bam. - Carica le letture che si sovrappongono alle chiamate di picco.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)