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Eliminar duplicados

Siempre es una buena práctica comprobar que tus lecturas de secuenciación no contengan demasiados duplicados.

# Muestra con duplicados de clase: ShortReadQ
dfqsample

# Obtén las lecturas de dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)

# Contar duplicados
table(srduplicated(mydReads))

¿Cómo eliminarías las lecturas duplicadas de un archivo? Fíjate bien en cuál debe ser la condición en este filtro.

Este ejercicio forma parte del curso

Introducción a Bioconductor en R

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Ejercicio interactivo práctico

Pon en práctica la teoría con uno de nuestros ejercicios interactivos

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