Eliminar duplicados
Siempre es una buena práctica comprobar que tus lecturas de secuenciación no contengan demasiados duplicados.
# Muestra con duplicados de clase: ShortReadQ
dfqsample
# Obtén las lecturas de dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Contar duplicados
table(srduplicated(mydReads))
¿Cómo eliminarías las lecturas duplicadas de un archivo? Fíjate bien en cuál debe ser la condición en este filtro.
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Pon en práctica la teoría con uno de nuestros ejercicios interactivos
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