Búsqueda de un patrón
Vamos a buscar algunas apariciones de un patrón en el conjunto zikaVirus usando vmatchPattern(). Luego, probaremos la misma búsqueda con matchPattern() en una única secuencia, zikv.
# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Ambas funciones deberían encontrar el mismo número de apariciones, pero verás que la salida es diferente. ¿Cuántas coincidencias obtenemos al ejecutar cada búsqueda de patrón por separado?
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Pon en práctica la teoría con uno de nuestros ejercicios interactivos
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