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Construyendo IRanges

En el vídeo se mostraron algunos ejemplos del constructor IRanges. Ahora te toca practicar creando intervalos de secuencias con distintos argumentos y ver cómo estos argumentos se reutilizan o se complementan.

Con la función IRanges() puedes indicar parámetros como start, end o width. Estas entradas pueden pertenecer a una de dos categorías:

  • start, end y width son vectores numéricos.
  • El parámetro start es un vector lógico.

Los argumentos que falten se resolverán usando la ecuación width = end - start + 1.

El constructor IRanges() indica que todos los parámetros son opcionales con valor predeterminado NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Este ejercicio forma parte del curso

Introducción a Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

Construye tres objetos IRanges con los siguientes argumentos:

  • IRnum1: Un start igual a un vector con los valores del 1 al 5 y end igual a 100.
  • IRnum2: Un end igual a 100 y width igual a 89 y 10.
  • IRlog1: start igual a Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • ¡Imprime los objetos y mira los resultados!

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Editar y ejecutar código