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Extraer una muestra de un archivo fastq

Ahora te toca a ti extraer una muestra de una secuencia con muchas lecturas.

Vas a usar el mismo archivo que leíste en el ejercicio anterior. Este archivo tiene 500 lecturas, cada una de 50 pb. La ruta del archivo está guardada en un objeto llamado f.

Usando FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() y yield() puedes seleccionar 100 lecturas de tu archivo de secuencias.

Este ejercicio forma parte del curso

Introducción a Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

  • Carga ShortRead.
  • Usa set.seed() con el valor 1234.
  • Usa FastqSampler() con el archivo fastq pequeño ubicado en f y selecciona 100 lecturas.
  • Usa yield() para generar la subsecuencia.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
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