Encontrar una región conservada en seis marcos de lectura
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Ahora vas a buscar la secuencia de la proteína NS5 en la secuencia del virus del Zika. La NS5 es una proteína viral muy conservada. Se descargó y cargó por ti desde Uniprot.
La secuencia de DNA del virus del Zika se transcribió a un RNAStringSet, llamado rnaframesZikaSet. El conjunto tiene seis marcos de lectura (uno por secuencia) para que los traduzcas a aminoácidos. Para la búsqueda, establecerás el argumento max.mismatch en tu llamada a vcountPattern() para dar flexibilidad a tu búsqueda.
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Print rnaframesZikaSet
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# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F