¡Más filtrado!
¡Genial! Ahora que ya has practicado el filtrado de lecturas, vamos a usar la función polynFilter(). Esta función selecciona las lecturas que contienen menos de un número dado de nucleótidos duplicados. Por ejemplo, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) seleccionará todas las lecturas que contienen menos de 20 A. El parámetro nuc es un vector de caracteres con símbolos IUPAC de nucleótidos o el valor "other" para todos los símbolos que no son nucleótidos.
El objeto fqsample está disponible en tu espacio de trabajo.
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil