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¿Cuántos transcritos?

¿Recuerdas en el vídeo cómo calculamos la longitud de los exones en uno de los transcritos de nuestro gen de interés? Ahora te toca averiguar cuántos transcritos tiene el gen ABCD1. Puedes hacerlo con:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Una vez que obtengas todos los transcritos por gen, podrás seleccionar cualquier gen por su id. El id del gen ABCD1 es 215. Un pequeño consejo para seleccionar la información de un gen concreto es usar acentos graves alrededor del id del gen, por ejemplo transcripts$`215`.

Este ejercicio forma parte del curso

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Instrucciones del ejercicio

  • Carga la base de datos de transcritos humanos en hg.
  • Pre-filtra el cromosoma X usando seqlevels().
  • Obtén todos los transcritos en hg por "gene", guarda los resultados en hg_chrXt e imprímelos.
  • Selecciona el gen `215` de hg_chrXt usando $.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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