Explorando la calidad de las secuencias
Ahora te toca a ti realizar un control de calidad sobre fqsample. Este paso es clave antes de seguir con análisis posteriores para detectar rápidamente posibles problemas en los datos.
Para comprobar los valores de codificación de cada letra en quality(), usa encoding():
encoding(quality(fqsample))
Para obtener un resumen de la evaluación de calidad (QA) utiliza qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Este qaSummary ya se ha creado por ti. Puedes acceder a los elementos de QA con qaSummary[["nameElement"]], donde nameElement es el nombre del elemento que quieras inspeccionar.
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)