Accesores de GenomicRanges
En el ejercicio anterior, creaste un objeto GRanges a partir de un data frame con la información básica. ¡Verás que GRanges puede almacenar mucho más!
Usa los métodos de acceso para explorar el objeto GRanges, myGR. Puedes extraer características de un objeto GRanges, como los nombres de los cromosomas, el número de secuencias, los nombres de cada secuencia, información sobre la hebra, la puntuación, la longitud y más.
Estos son algunos accesores básicos para GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Para ver la lista completa de accesores, puedes consultar methods(class = "GRanges").
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Instrucciones del ejercicio
- Obtén la información de las secuencias de
myGR. - Revisa los metadatos usando
mcols().
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___