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Particionando el genoma de levadura

Los genomas suelen ser grandes, pero el interés normalmente está en regiones específicas. Por eso, necesitamos crear subconjuntos del genoma extrayendo partes de él. Para elegir un intervalo de secuencia, usa getSeq() y especifica el nombre del cromosoma y el inicio y fin del intervalo.

El siguiente ejemplo seleccionará las bases de "chrI" desde 100 hasta 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Nota: names es opcional; si no se especifica, devolverá todos los cromosomas. Los parámetros start y end también son opcionales y, si no se especifican, tomarán los valores por defecto 1 y la longitud de la secuencia, respectivamente.

Este ejercicio forma parte del curso

Introducción a Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

  • Usa getSeq() para obtener las primeras 30 bases del cromosoma M ("chrM") en el objeto yeastGenome.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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