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De datos tabulares a Genomic Ranges

En el video, aprendiste distintas formas de crear objetos GRanges. Puedes definir un GRanges con el nombre de la secuencia y las posiciones de inicio y fin (seqnames, start y end). Si tienes los datos en formato de tabla, también puedes transformarlos en un objeto GRanges. Vamos a usar un data frame llamado seq_intervals, que es donde probablemente guardes tus intervalos de secuencia. Nota: también puedes usar un tibble si te resulta más familiar.

Usarás el data frame predefinido seq_intervals para transformarlo en un objeto GRanges con la función as(). La función as() se presentó en el último video: recibe un objeto y el nombre de la clase a la que quieres convertirlo.

Este ejercicio forma parte del curso

Introducción a Bioconductor en R

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Instrucciones del ejercicio

  • Carga GenomicRanges.
  • Imprime seq_intervals para ver cómo luce.
  • Transforma seq_intervals en un objeto GRanges y llama al nuevo objeto myGR.
  • Imprime myGR.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Editar y ejecutar código