¡Filtrando lecturas sobre la marcha!
¿Y si, de todas las lecturas de un archivo, solo te interesan algunas? ¡Puedes usar un filtro!
Imagina que solo te interesan las lecturas que empiezan con el patrón "ATGCA". Una pequeña función de filtrado puede hacer el trabajo, usando la función srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Esta función, que ya ha sido creada para ti, toma como entrada un objeto derivado de ShortRead y devuelve las lecturas que empiezan con el patrón "ATGCA". ¡Vamos a ponerla en práctica!
Este ejercicio forma parte del curso
Introducción a Bioconductor en R
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___