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存储马尔可夫链

设 \(m\) 为连续 3 天睡眠剥夺后反应时的平均变化量。在之前的练习中,您已经从 \(m\) 的后验模型中近似抽取了 10,000 个样本。您将得到的 mcmc.list 对象存为 sleep_sim,它已加载到您的工作区:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)

事实上,sleep_sim 中的 \(m\) 值样本是一个相互依赖的马尔可夫链(Markov chain),其分布会收敛到后验分布。您将查看 sleep_sim 的内容,并为了更精细地控制分析,把其中的内容存入一个数据框。

本练习是课程的一部分

使用 RJAGS 的贝叶斯建模

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练习说明

  • 查看列表对象 sleep_simhead() 输出。

  • sleep_sim 的第一个列表元素包含 \(m\) 和 \(s\) 的链。将它们存入名为 sleep_chains 的数据框。加入变量 iter,记录每个链元素对应的迭代编号 1:10000

  • 查看 sleep_chains 的前 6 行。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Check out the head of sleep_sim


# Store the chains in a data frame
sleep_chains <- data.frame(___, iter = ___)

# Check out the head of sleep_chains
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