马尔可夫链的密度图
与展示马尔可夫链随时间演变的轨迹图不同,密度图用于展示链值的最终分布。密度图由此为后验模型提供一种近似。您将构建并查看下方 \(m\) 马尔可夫链的密度图。工作区中已提供 mcmc.list 对象 sleep_sim 和数据框 sleep_chains:
sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)
本练习是课程的一部分
使用 RJAGS 的贝叶斯建模
练习说明
对
sleep_sim调用plot(),并设置trace = FALSE,为 \(m\) 和 \(s\) 两条链绘制密度图。对
sleep_chains调用ggplot(),重新绘制 \(m\) 链的密度图。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Use plot() to construct density plots of the m and s chains
# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) +
___()