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多条链

"轨迹图"(Trace plots)用于诊断马尔可夫链模拟的质量。一个"良好"的马尔可夫链会在链长度增加时表现出稳定性,并在重复模拟(即使用多条链)之间具有一致性。您将使用 RJAGS 运行 4 条并行链并绘制其轨迹图。已定义的 sleep_model 已在您的工作区中。

本练习是课程的一部分

使用 RJAGS 的贝叶斯建模

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练习说明

  • 使用 jags.model() 来编译(COMPILE)sleep_model 并初始化 4 条并行链。将输出保存为名为 sleep_jags_multi 的 jags 对象。

  • ms 的后验模型中模拟(SIMULATE)1,000 次抽样。将该 mcmc.list 保存到 sleep_sim_multi

  • 查看 sleep_sim_multihead()。注意其中包含 4 个列表项,对应 4 条并行链。

  • 使用 plot() 为多条链绘制轨迹图,并关闭密度图显示。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains
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