分割酵母基因體
基因體通常很大,但我們常常只關注其中的特定區域。因此,需要透過擷取片段來對基因體進行子集化。要挑選一段序列區間,請使用 getSeq(),並指定染色體名稱,以及該區間的起始與結束位置。
下面的範例會選取 "chrI" 從 100 到 150 的鹼基:
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
注意:names 參數是可選的;若未指定,將回傳所有染色體。參數 start 與 end 也是可選的;若未指定,分別會採用預設值 1 與該序列的長度。
本練習屬於課程
R 中的 Bioconductor 入門
練習說明
- 使用
getSeq()取得yeastGenome物件中 M 染色體("chrM")前 30 個鹼基。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
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