開始使用免費開始

分割酵母基因體

基因體通常很大,但我們常常只關注其中的特定區域。因此,需要透過擷取片段來對基因體進行子集化。要挑選一段序列區間,請使用 getSeq(),並指定染色體名稱,以及該區間的起始與結束位置。

下面的範例會選取 "chrI"100150 的鹼基:

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

注意:names 參數是可選的;若未指定,將回傳所有染色體。參數 startend 也是可選的;若未指定,分別會採用預設值 1 與該序列的長度。

本練習屬於課程

R 中的 Bioconductor 入門

檢視課程

練習說明

  • 使用 getSeq() 取得 yeastGenome 物件中 M 染色體("chrM")前 30 個鹼基。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
___
編輯並執行程式碼