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GenomicRanges 存取器

在前一個練習中,你從包含基本資訊的資料框建立了一個 GRanges 物件。你會發現 GRanges 還能存更多資訊!

請使用存取器方法來探索 GRanges 物件 myGR。你可以從 GRanges 物件中擷取多種特徵,例如染色體名稱、序列數量、各序列名稱、鏈向(strand)、分數(score)、長度等。

以下是 GRanges 的基本存取器:

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

如需完整的存取器清單,請查看 methods(class = "GRanges")

本練習屬於課程

R 中的 Bioconductor 入門

檢視課程

練習說明

  • 取得 myGR 的序列資訊。
  • 使用 mcols() 檢查中介資料(metadata)。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load GenomicRanges
library(___)

# Print the seqinfo of myGR
___

# Check the metadata
___
編輯並執行程式碼