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搜尋特定樣式

讓我們用 vmatchPattern()zikaVirus 集合 中找出某個樣式的出現位置。接著,對單一序列 zikv 使用 matchPattern() 進行相同的樣式搜尋。

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

兩個函式找到的出現次數應該相同,但你會注意到輸出格式不同。 分別執行每個樣式搜尋時,會得到多少個比對?

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