探索序列品質
現在換你對 fqsample 做一次品質管制(quality control)。這是在進行後續分析前的重要步驟,可以快速找出資料問題。
若要檢查 quality() 中每個字元的編碼值,使用 encoding():
encoding(quality(fqsample))
若要取得品質評估(QA)摘要,使用 qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
這個 qaSummary 已經幫你建立好了。你可以用 qaSummary[["nameElement"]] 存取 QA 的各個元素,其中 nameElement 是你想查看的元素名稱。
本練習屬於課程