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探索序列品質

現在換你對 fqsample 做一次品質管制(quality control)。這是在進行後續分析前的重要步驟,可以快速找出資料問題。

若要檢查 quality() 中每個字元的編碼值,使用 encoding()

encoding(quality(fqsample))

若要取得品質評估(QA)摘要,使用 qa()

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

這個 qaSummary 已經幫你建立好了。你可以用 qaSummary[["nameElement"]] 存取 QA 的各個元素,其中 nameElement 是你想查看的元素名稱。

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# Load ShortRead
library(___)

# Check quality
___(___)
編輯並執行程式碼