人類基因組 X 染色體
輪到你使用 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 套件並從中擷取資訊了。和影片中一樣,你將使用 genes() 函式並將引數 filter 設定為選取 tx_chrom = "chrX" 的條件,來篩選出 X 染色體上的所有基因。接著,探索這個基因子集合。
記得 filter 會接收一個 list(),其中包含選取特定基因組區間的篩選條件。
如果你想嘗試其他篩選條件,這個 list 可用的名稱包括:"gene_id"、"tx_id"、"tx_name"、"tx_chrom"、"tx_strand"、"exon_id"、"exon_name"、"exon_chrom"、"exon_strand"、"cds_id"、"cds_name"、"cds_chrom"、"cds_strand",以及 "exon_rank"。
本練習屬於課程
R 中的 Bioconductor 入門
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg