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建立 IRanges

在影片中已示範了一些 IRanges 建構子的例子。現在換你動手練習,用不同的引數來建立序列區間,看看這些引數如何被重複使用或彼此補足。

使用 IRanges() 函式時,你可以指定 startendwidth 等參數。這些參數輸入可分成兩類:

  • startendwidth 是數值向量。
  • start 參數是布林向量。

缺少的引數會依等式 width = end - start + 1 自動補齊。

IRanges() 建構子說明所有參數皆為可選,預設為 NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

本練習屬於課程

R 中的 Bioconductor 入門

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練習說明

用下列引數建立三個 IRanges 物件:

  • IRnum1start 為 1 到 5 的向量,end 為 100。
  • IRnum2end 為 100,width 為 89 和 10(兩個值)。
  • IRlog1startRle(c(F, T, T, T, F, T, T, T))
  • 列印這些物件並查看結果!

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
編輯並執行程式碼