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隨手過濾讀段!

如果在一個檔案裡,你只對部分讀段有興趣該怎麼辦?你可以使用過濾器!

假設你只想要那些以樣式 "ATGCA" 開頭的讀段。一個小小的過濾函式就能辦到,搭配 srFilter() 函式使用:

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

這個函式已經為你建立好,它以 ShortRead 衍生物件作為輸入,並輸出以樣式 "ATGCA" 開頭的讀段。現在就把它用起來吧!

本練習屬於課程

R 中的 Bioconductor 入門

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動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package ShortRead
library(ShortRead)

# Check class of fqsample
___

# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]

# Check class of selectedReads
___
編輯並執行程式碼