更多過濾!
太棒了!既然你已經練習過如何過濾 reads,現在來使用 polynFilter() 函式吧。這個函式會挑出重複核苷酸數量少於指定閾值的 reads。舉例來說,polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) 會選出所有含有少於 20 個 A 的 reads。參數 nuc 是一個字元向量,內容可以是核苷酸的 IUPAC 符號,或使用 "other" 代表所有非核苷酸的符號。
你的工作環境中已提供 fqsample 物件。
本練習屬於課程
R 中的 Bioconductor 入門
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil