เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

หลาย chains

Trace plots ช่วยให้เราวิเคราะห์คุณภาพของการจำลอง Markov chain Markov chain ที่ "ดี" จะแสดงให้เห็นถึงเสถียรภาพเมื่อความยาวของ chain เพิ่มขึ้น และมีความสอดคล้องกันเมื่อรันซ้ำหลายครั้ง หรือที่เรียกว่า multiple chains ในแบบฝึกหัดนี้ จะใช้ RJAGS เพื่อรันและสร้าง trace plots สำหรับ 4 chains แบบขนาน โดย sleep_model ที่กำหนดไว้แล้วอยู่ใน workspace ของคุณ

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การสร้างแบบจำลอง Bayesian ด้วย RJAGS

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ใช้ jags.model() เพื่อ COMPILE sleep_model และ initialize 4 parallel chains จากนั้นเก็บผลลัพธ์ไว้ใน jags object ชื่อ sleep_jags_multi

  • SIMULATE ตัวอย่างจำนวน 1,000 draws จาก posterior model ของ m และ s แล้วเก็บ mcmc.list นี้ไว้ใน sleep_sim_multi

  • ตรวจดูผลลัพธ์ของ head() จาก sleep_sim_multi สังเกตว่ามี 4 list items ที่ประกอบด้วย 4 parallel chains

  • ใช้ plot() เพื่อสร้าง trace plots สำหรับหลาย chains โดยซ่อน density plots

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains
แก้ไขและรันโค้ด