เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

Density plot ของ Markov chain

Trace plot แสดงพฤติกรรมของ Markov chain ตามลำดับเวลา ในขณะที่ density plot แสดงการกระจายตัวสุดท้ายของค่าในห่วงโซ่ ซึ่งช่วยให้เห็นภาพ ประมาณการ ของโมเดล posterior ได้ชัดเจนยิ่งขึ้น ในแบบฝึกหัดนี้ จะสร้างและวิเคราะห์ density plot ของ Markov chain \(m\) โดย object mcmc.list ชื่อ sleep_sim และ data frame sleep_chains พร้อมใช้งานใน workspace แล้ว:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

การสร้างแบบจำลอง Bayesian ด้วย RJAGS

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ใช้ plot() กับ sleep_sim โดยกำหนด trace = FALSE เพื่อสร้าง density plot สำหรับห่วงโซ่ \(m\) และ \(s\)

  • ใช้ ggplot() กับ sleep_chains เพื่อสร้าง density plot ของห่วงโซ่ \(m\) อีกครั้ง

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Use plot() to construct density plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) + 
    ___()
แก้ไขและรันโค้ด