Lanțuri multiple

Graficele de tip trace ne ajută să diagnosticăm calitatea unei simulări de tip lanț Markov. Un lanț Markov „bun" va prezenta stabilitate pe măsură ce lungimea lanțului crește și consistență între simulări repetate, adică între lanțuri multiple. Vei folosi RJAGS pentru a rula și a construi grafice de tip trace pentru patru lanțuri paralele. Modelul sleep_model este deja definit în spațiul tău de lucru.

Acest exercițiu face parte din cursul

Modelare bayesiană cu RJAGS

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Folosește jags.model() pentru a COMPILA sleep_model și a inițializa 4 lanțuri paralele. Stochează rezultatul într-un obiect jags numit sleep_jags_multi.
SIMULEAZĂ un eșantion de 1.000 de extrageri din modelul posterior al lui m și s. Stochează această mcmc.list în sleep_sim_multi.
Verifică head()-ul lui sleep_sim_multi. Observă cele 4 elemente din listă, corespunzând celor 4 lanțuri paralele.
Folosește plot() pentru a construi grafice de tip trace pentru lanțurile multiple. Suprimă graficele de densitate.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains

Editează și rulează codul