Grafice de densitate pentru lanțul Markov

În timp ce un grafic de tip trace surprinde comportamentul longitudinal al unui lanț Markov, un grafic de densitate ilustrează distribuția finală a valorilor lanțului. Astfel, graficul de densitate oferă o aproximare a modelului posterior. Vei construi și examina grafice de densitate pentru lanțul Markov \(m\) de mai jos. Obiectul mcmc.list numit sleep_sim și data frame-ul sleep_chains se află deja în spațiul tău de lucru:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Acest exercițiu face parte din cursul

Modelare bayesiană cu RJAGS

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Aplică plot() pe sleep_sim cu trace = FALSE pentru a construi grafice de densitate pentru lanțurile \(m\) și \(s\).
Aplică ggplot() pe sleep_chains pentru a reconstrui un grafic de densitate al lanțului \(m\).

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Use plot() to construct density plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) + 
    ___()

Editează și rulează codul