Grafice de urmărire a lanțului Markov

Un grafic de urmărire (trace plot) oferă o vizualizare a comportamentului longitudinal al unui lanț Markov. Mai concret, un grafic de urmărire pentru lanțul \(m\) reprezintă valoarea observată a lanțului (axa y) față de numărul iterației corespunzătoare (axa x).

Vei construi grafice de urmărire pentru lanțul \(m\) folosind două abordări diferite: aplicând funcția built-in plot() obiectului mcmc.list denumit sleep_sim și, pentru un control mai fin al graficului (și al analizelor din capitolele ulterioare), aplicând ggplot() obiectului data.frame denumit sleep_chains. Atât sleep_sim, cât și sleep_chains se află deja în spațiul tău de lucru:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Acest exercițiu face parte din cursul

Modelare bayesiană cu RJAGS

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Aplică plot() pe sleep_sim cu density = FALSE pentru a construi grafice de urmărire pentru lanțurile \(m\) și \(s\). NOTĂ: Cele 10.000 de iterații înregistrate încep după o perioadă de „ardere" (burn-in), în care eșantioanele sunt eliminate. Prin urmare, numărătoarea iterațiilor nu începe de la 1!
Aplică ggplot() cu un strat geom_line() pe sleep_chains pentru a reconstrui graficul de urmărire al lanțului \(m\).
Mărește imaginea: construiește un grafic de urmărire ggplot() pentru primele 100 de iterații ale lanțului \(m\).

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

Editează și rulează codul