यीस्ट जीनोम का विभाजन
जीनोम अक्सर बड़े होते हैं, लेकिन आम तौर पर दिलचस्पी उनके कुछ खास क्षेत्रों में होती है। इसलिए, हमें जीनोम को उसके हिस्से निकालकर सबसेट करना पड़ता है। किसी सीक्वेंस इंटरवल को चुनने के लिए getSeq() का उपयोग करें और क्रोमोसोम का नाम, साथ ही उस इंटरवल की शुरुआत और अंत बताइए।
निम्न उदाहरण "chrI" के 100 से 150 तक के बेस चुनेगा।
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
ध्यान दें: names वैकल्पिक है; अगर न दिया जाए, तो यह सभी क्रोमोसोम लौटाएगा। पैरामीटर start और end भी वैकल्पिक हैं और, यदि न दिए जाएँ, तो क्रमशः डिफ़ॉल्ट मान 1 और सीक्वेंस की लंबाई ले लेंगे.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
अभ्यास निर्देश
yeastGenomeऑब्जेक्ट में M क्रोमोसोम ("chrM") के शुरुआती 30 बेस पाने के लिएgetSeq()का उपयोग करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
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